THESIS

卒業論文

2014-2024

Wongnak Rawiwan(博士)

「Biophysical and Immunological analysis of SARS-CoV-2 Omicron BA.5 receptor binding domain (RBD) produced in E. Coli as a potential vaccine antigen」

Tu Le Ngoc Thao(修士)

「Design and Escherichia coli expression of a natively folded multi-disulfide bonded influenza H1N1-PR8 Receptor Binding Domain (RBD)」

安東　紫帆(修士)

「COVID-19 等感染性ウイルスにおける感染拡大と人の移動の関係性」

堀　秀俊(修士)

「H3N2亜型インフルエンザウイルスRBDタンパク質の大腸菌発現における中間体の解析」

小島　賢(学士)

「ドッキングシミュレーションを用いて、独自の低分子ライブラリーからのSARS-CoV-2RBD-ヒトACE2の結合阻害化合物の探索」

>田中　優愛(学士)

「未公開」

宮内　秀一朗(学士)

「未公開」
吉末賢広(博士)

「大腸菌にて作製した低分子量タンパク質ドメインを用いたワクチンシーズ開発及びモノクローナル抗体の確立～新型コロナウイルス・スパイクタンパク質受容体結合ドメイン（RBD）を例に用いた実証研究～」

　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　
王泽霖(修士)
　　　　　　　　　　　　　　　　　

「Expression and purification of the multi-disulfide bonded FIPV-RBD in Escherichia coli(E.coli) expression system using solubility enhancing peptide tag (SCP-tag)」

井上絢惠(修士)

「未公開」

茜拓斗(学士)

「精製タンパク質分子内に存在するジスルフィド結合パターンの検出と予測の最適化」

嶋武優香子(学士)

「アスパラギン酸からなる負電荷ペプチドタグ付き抗EGFR-VHH抗体の作製と物性・相互作用評価」

野村竜聖(学士)

「粗視化分子動力学シミュレーションを用いたタンパク質表面電荷が凝集性に与える影響の検討」

森越菜々香(学士)

「未公開」
Subbaian Brindha(博士)

「Efficient production of multi-disulfide bond proteins in Escherichia coli using solubility enhancing peptide tag」

大川真実(修士)

「未公開」

福谷星(修士)

「アルギニンまたはリジンで構成される溶解性向上ペプチドタグの蛋白質熱凝集抑制能評価」

Onchaiya Sawaros(修士)

「Establishing high-temperature reversible oligomerization strategy andamyloidogenicity of PSD95-PDZ3 variants by reverse engineering」

堀秀俊(学士)

「免疫プロトコルによるデングウイルスED3の免疫原性変化」
Md. Golam Kibria(博士)

「In vivo immunogenicity of amorphous aggregates made of misfolded anti-EGFR single domain antibody (VHH)」

塩飽祐佳里(修士)

「会合体形成またはアミノ酸1残基置換によるデングウイルス由来エンベロープタンパク質第3ドメインの免疫原性への寄与」

仁禮純人(学士)

「蛋白質の滴定曲線描画ツールの作成」

ガンゾリグエンフボロル(学士)

「組換PDZ3タンパク質の発現・精製と物性検証」

安東紫帆(学士)

「格子モデルを用いたCOVID-19等伝染性ウイルスの感染拡大シミュレーション」

井上絢惠(学士)

「ラテックス凝集反応を用いた抗３型デングウイルス由来エンベロープタンパク質第３ドメイン抗体の検出」
NAFSOON RAHMAN(博士)

「Control of BPTI's aggregation states using Solubility Controlling Peptide tags and their effect on its in vivo immunogenicity」

小原真(修士)

「異方性相互作用モデルによるタンパク質凝集の考察」

松沢佑紀(修士)

「ニューラルネットワークを用いたタンパク質ドメインリンカー予測器の構築」

大川真実(学士)

「静電相互作用により会合したデングウイルスED3タンパク質凝集体の物性と免疫原性の評価」

福谷星(学士)

「Pictet-Spengler反応を用いた抗EGFR-VHHのN末端特異的蛍光標識」
早乙女友規(博士)

「球状蛋白質の熱変性における高温での可逆的なオリゴマー形成の物理化学的解析」

Kalpana Nautiyal(博士)

「Development of short peptide tags for solubilizing biologically relevant proteins without altering their activities」

三浦史帆(修士)

「短いペプチドタグの付加によるデングウイルス由来エンベロープタンパク質第3ドメインの会合状態および免疫原性への効果」

山本裕子(学士)

「デング由来ED3蛋白質における非天然ジスルフィド結合の形成によるミスフォールドの蛋白質工学的な抑制」

塩飽祐佳里(学士)

「短い疎水性ペプチドタグを付加したデングウイルス由来エンベロープタンパク質第3ドメイン(ED3)の免疫原性及び物性の解析」

髙木開生(学士)

「SCPタグを付加したBPTIの溶解傾向性におけるアミノ酸の寄与の探求」

前田華子(学士)

「BPTIをモデルタンパク質に用いた疎水性ペプチドタグの付加による細胞毒性の検証」
Md. Golam Kabir(博士)

「Biophysical characterization of soluble protein aggregates and oligomers controlled using short amino acid peptide tags」

河村直樹(修士)

「ニューラルネットワークを用いたドメインリンカーの予測」

小原真(学士)

「格子モデルシミュレーションによるタンパク質凝集体形成の分析」

廣瀬克彦(学士)

「分子シミュレーション及び実験による Anti-EGFR scfv の溶解性予測と評価」

松沢佑紀(学士)

「機械学習（SVM）を用いたドメインリンカー予測」
井出宗一郎(修士)

「単独での構造の維持が期待される「構造ドメイン」の自動的な同定法開発」

萩原くるみ(学士)

「複数変異導入デングウイルス由来ED3に対するモデリングと熱安定性評価」

三浦史帆(学士)

「短いペプチドタグを付加したデングウイルス由来ED3における会合状態の評価」

リムザン万凜(学士)

「分子シミュレーション法を用いた蛋白質の溶解性予測」
櫻井博光(修士)

「溶解性向上ペプチド (SEP)タグによるTEV蛋白質の溶解性向上検討」

早乙女友規(修士)

「高温条件下で変性したDEN4 ED3 の可逆的なオリゴマー形成の一残基置換による阻害」

Wu Nan(博士)

「Re-design Gaussia luciferase using a novel Screening Protocol based VanX mediated Autoysis」

Kulkarni Manjiri R(博士)

「Structural and biophysical study of Dengue Envelope protein domain 3」

小須田慧司(修士)

「分子シミュレーションを用いたタンパク質の溶解性評価」

石山幸樹(学士)

「最小ガウシアルシフェラーゼの作製」

岡本紳太郎(学士)

「BPTI変異体を用いたアミノ酸の溶解傾向性の測定」

佐々木英之(学士)

「短いペプチドを付加したデングウイルス由来エンベロープタンパク質第3ドメインの物性評価」

河村直樹(学士)

「格子モデルを用いたアモルファス・アミロイド凝集のシミュレーション」
佐藤雄士(修士)

「複数のテトラペプチドを用いた全原子分子動力学シミュレーションによるアモルファス凝集の解析」

鈴木涼祐(修士)

「格子モデルを用いたタンパク質凝集のシミュレーション」

鈴木郁也(修士)

「NMR構造解析へ向けた13C15N標識ガウシアルシフェラーゼの精製法の開発」

竹内厚貴(学士)

「短いペプチドタグ付加によるデングウイルス由来のED3ドメインの会合状態の制御」

渡辺和哉(学士)

「ウシ膵臓トリプシン阻害タンパク質とSEPタグを用いたアミノ酸の溶解傾向性の測定」

青木将(学士)

「大腸菌を宿主としたガウシアルシフェラーゼ発現系の改良」

早乙女友規(学士)

「デングウイルス由来のED3ドメインの熱安定性と会合状態についての解析」

井出宗一郎(学士)

「単独で構造を維持する新規ドメインデータベースの構築」

尾園早紀(学士)

「SVM 学習を用いたヘリカルリンカー予測機HDROPの高速化とその評価」
上岡哲矢(博士)

「組み換えタンパク質の新規精製法及びスプライシング法の開発」

Mohammed M Alam Khan(博士)

「Biophysical analysis of protein solubility and aggregation using short amino acid peptide tags」

黒谷篤之(博士)

「植物プロテオームの網羅的アノテーションとそのデータベ―ス化、及び被子植物におけるディスオーダー領域と翻訳後修飾の生物情報学的解析」

Montasir Elahi(博士)

「Structural and thermodynamic analysis of dengue envelope protein domain III provide insights into dengue's sero-specificity and molecular evolution」

梅澤祐貴(修士)

「単独でフォールドする構造ドメイン同定法の開発及びそのデータベース化」

二宮拓也(修士)

「大腸菌細胞壁合成阻害作用を利用した組換えタンパク質抽出法の開発」

小須田慧司(学士)

「円偏光二色性測定と示差走査蛍光定量法を用いたBPTI変異体の熱安定性評価」

櫻井博光(学士)

「デングウイルス由来エンベロープ糖タンパク質第3ドメインの尿素変性を用いた変異体解析」

如澤浩樹(学士)

「タンパク質の末端に付加した少数残基が凝集体形成に及ぼす影響の解析」
Wu Nan(修士)

「VanXの溶菌活性を用いた新規ルシフェターゼのスクリーニング法の開発」

清水凌(学士)

「アミノ酸配列を単純化した BPTI の精製改良および熱力学的安定性の解析」

佐藤雄士(学士)

「多数ペプチド系の全原子MD シミュレーションを用いた凝集の解析」

鈴木涼祐(学士)

「SVMを用いたヘリカルリンカー領域の予測」

和智友香(学士)

「BPTI変異体の温度変性による可逆的な会合体形成の生物物理学的解析」
Tharangai Rathnayaka(博士)

「Characterization and bacterial expression of recombinant Gaussia Luciferase with native-like disulfide bonds and bioluminescence activity」

木村俊太(修士)

「常温菌・好熱菌タンパク質における局所構造及びアミノ酸対組成の統計的解析」

小林慶(修士)

「ヘテロシーディング法を用いた熱安定化BPTI変異体の解析」

梅澤祐貴(学士)

「構造ドメインデータベースの作成およびそのWeb提供」

福原功巳(学士)

「大腸菌を宿主に用いたｶﾞｳｼｱ・ﾙｼﾌｪﾗｰｾﾞ及びﾐﾆ・ﾙｼﾌｪﾗｰｾﾞの発現と精製」

図師健太(学士)

「複数ペプチドの分子動力学シミュレーションによる凝集の解析」

雙田健太郎(学士)

「タンパク質溶解性の解明を目的としたペプチドの溶解度測定」
蝦名鉄平(博士)

「Analysis and prediction of structural domains and their boundaries using machine learning approaches」

秋山沙織(修士)

「熱安定化／不安定化緑色蛍光タンパク質変異体の実験及び理論的解析」

島田広海(修士)

「タンパク質溶解性の解明を目的としたペプチドの溶解度測定プロトコルの開発」

町田惠久海(学士)

「好熱菌を用いたアミノ酸三残基フラグメントデータベースの構築と解析」

岩崎駿(学士)

「構造ドメインデータベースの作成および解析」

関琢磨(学士)

「正しくフォールディングするガウシアルシフェラーゼの精製のプロトコルの開発」

田中亮太(学士)

「正しくフォールディングしたガウシアルシフェラーゼの発現・精製及びNMR解析用サンプルの作製」

辻良太郎(学士)

「SVMを用いたヘリックスを含むリンカー領域予測機の開発」
石原謙一郎(修士)

「短い溶解度向上ペプチドタグ (SEP-tag) による封入体形成防止法」

木村俊太(学士)

「高溶菌活性を持つVanX変異体の探索」

小林慶(学士)

「1及び2残基置換における熱安定化BPTIの実験的解析」

都賀友宏(学士)

「残基フラグメント構造データベースの構築とタンパク質熱安定性スコアリング」

馬場美香(学士)

「1および2残基置換による熱安定化BPTI変異体の分子動力学シミュレーション解析」

牧野恵里香(学士)

「正しいS-S結合を形成したガウシアルシフェラーゼの大量発現系の開発」
廣瀬修一(博士)

「機械学習法を用いたタンパク質中の動的情報の予測」

MM Islam(博士)

「ウシ膵臓トリプシン阻害蛋白質変異体の構造及び熱力学解析」

小林貴幸(修士)

「SVMを用いたβシート構造の解析と予測」

矢島龍(修士)

「より迅速な構造比較ツールの開発」

大原拓也(学士)

「ジスルフィド結合を形成するシステインの特徴についての解析」

秋山沙織(学士)

「GFPuv変異体の分子動力学解析と蛍光活性の実験的評価」

古勢美緒(学士)

「大腸菌を宿主としたブロックコポリマーの大量発現系の構築」

下野智弘(学士)

「アミノ酸タグ付加がタンパク質の溶解度に及ぼす影響の解析」

島田広海(学士)

「溶解度解析を目的とした短いペプチドの大量発現系の構築」
加藤淳(博士)

「単純化ウシ膵臓トリプシンインヒビター変異体を用いたタンパク質の安定性の熱力学解析及び新規溶解性向上法の開発」

田輪みな子(修士)

「タグ配列の付加がタンパク質の溶解度に及ぼす影響の研究」

太田勇輝(学士)

「タグ配列の付加がタンパク質の溶解度に及ぼす影響の研究」

細岡亜沙実(学士)

「短いペプチド系溶解度向上タグが封入体形成に与える影響の解析」
上岡哲矢(修士)

「トランススプライシング反応条件の最適化」

鈴木洋二(修士)

「タンパク質における立体構造比較法の新規開発」

石井麻菜美(学士)

「ペプチド系タグがタンパク質の活性・熱安定性・溶解度に及ぼす影響の研究」

小林貴幸(学士)

「MDシミュレーションを用いたGFPのトラジェクトリ解析」

古山智裕(学士)

「構造ドメイン境界予測法に用いるドメインリンカーデータベースの作成」

矢島龍(学士)

「タンパク質構造比較のための新規パラメータの開発とその評価」
山田宗高(修士)

「アミノ酸配列を単純化したBPTI変異体タンパク質の熱力学的安定性」

荒井隆雄(学士)

「構造ドメインデータベース作成及びSVMを用いた構造ドメイン領域予測」

小山哲平(学士)

「MDシミュレーションによるBPTI5-55の1残基アラニン置換体の熱安定性の計算」

蝦名鉄平(学士)

「アルギニンタグ付加による蛋白質会合体形成阻止の研究」

田輪みな子(学士)

「スプライシング反応中間体の会合に関する研究」

朱田梨恵(学士)

「VanXの発現系と精製法の改良」

村上さおり(学士)

「アミノ酸配列を単純化した変異体タンパク質の熱力学的な安定性評価」
熊谷勇太(学士)

「構造ドメイン境界予測法の開発を支援する構造ドメイン・データベース作成」

上岡哲矢(学士)

「Ssp DnaEインテイン蛋白質の精製に対する発現系の構築」

古川ひとみ(学士)

「配列を単純化したBPTI蛋白質の熱力学的解析」

木下啓太(学士)

「分子動力学計算による1残基アラニン置換体の熱安定性の計算」
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