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計算・実験手法を用いた蛋白質の設計とその実験的検証


本研究室では、生物学と情報科学・物理学の境界領域として、生命現象を原子・分子レベルで解明することを目指しています。
そのため、バイオインフォマティクス、生物物理学、進化工学・タンパク質工学を用いて、タンパク質の物性や構造を解析・設計し、酵素や抗体を初めとするタンパク質の改変をしています。改変したタンパク質やその設計法が、バイオ産業や創薬の分野で活用されることを目指して研究を続けています。具体的な研究内容

開けた研究室:本研究室は、生物学、情報科学、物理学の境界領域で研究を進めているため、幅広い知識や技術を必要としています。そのため、我々は、学内外の多くの最先端研究室と共同研究を行っています。取り分け、学内では生命工学科内は勿論、機器分析センター、農学部と共同研究を行ってきました。また、学外では理化学研究所、産総研、医科歯科大学、長岡技術科学大学や法政大学と共同研究をしています。

国外にも開けた研究室:過去5年フランス・モンペリエ大学と姉妹校協定を結び毎年1,2名の学生が短期留学します。フランスの文化を楽しむと同時に海外で現地の学生や研究者と交わって研究経験を積む貴重な機会です。また、ポーランド、フランス、中国、インドや東南アジアから多くの留学生を受け入れてきました。研究室には、常に数名の留学生が在籍しており、日々の研究活動の中で自然と英語で会話する学生さんが増えています。在学中に一種のミニ国内留学を楽しめます。留学生と東京見学



2018.4.12の黒田研究室


最近の代表的な論文


Nautiyal Kalpanaut, Yutaka Kuroda.A SEP tag enhances the expression, solubility and yield of recombinant TEV protease without altering its activity. New Biotechnology 242:77-84. (2018)

Yutaka Kuroda. Biophysical Studies of protein solubility and aggregation by systematic mutational analysis and a helical polymerization model, Biophysical Review, in press (2018)

Shigeyoshi Nakamura, Tomonori Saotome, Akiko Nakazawa, Masao Fukuda, Yutaka Kuroda, and Shun-ichi Kidokoro Thermodynamics of the thermal denaturation of acid molten globule state of cytochrome c Indicate a reversible high-temperature oligomerization process, Biochemistry, 56 (18), pp 2372-2378 (2017).

Yutaka Kuroda, Atsushi Suenaga, Yuji Sato, Satoshi Kosuda & Makoto Taiji、All-atom molecular dynamics analysis of multi-peptide systems reproduces peptide solubility in line with experimental observations, Scientific Reports 6, Article number: 19479 (2016 Jan28)

Kulkarni R Manjiri, Numoto Nobutaka, Ito Nobutoshi, Kuroda Yutaka* Modeling and experimental assessment of a buried Leu-Ile mutation in Dengue envelope protein domain III, Biochemical and Biophysical Research Communications i471(1):163-8 ( 2016). (Jan 2016)

Dellarole M, Kobayashi K, Rouget JB, Caro A, Roche J, Islam MM., Garcia-Moreno EB, Kuroda Y, Royer CA., Probing the Physical Determinants of Thermal Expansion of Folded Proteins, J Phys Chem B, 117(42):12742-12749 (2013)

All publications


最近の特許


■ 特許第5509421号、廣瀬修一、野口保、五島直樹、河村義史、黒田裕:可溶性予測装置及び可溶性予測法平成21年(2009)12月22日出願、登録日:平成26年(2014)4月4日、特許出願人:独)産業技術 総合研究所、社)バイオ産業情報化コンソーシアム、国立大学法人東京農工大学

■ 特許第5273438号黒田裕、泉川直重、加藤 淳、惣谷志保理、:ペプチドの溶解度計算方法、及びそれを用いたペプチドタグの設計方法とタンパク質の合成方法、平成20年(2008)1月11日出願、登録日:平成25年(2013)5月24日、特許出願人:国立大学法人東京農工大学


2018.3.27

2012年秋に来日したKabirさんが博士(工学)の学位を取得しました。長い道のりでしたが、無事修了できました。おめでとうございます。

また、河村直樹君が修士を取得し、学部生3名が無事卒業しました。皆様おめでとうございます。

2017.10.30
JSPS 外国人特別研究員のPunitha Vermulungen博士(インド国)が、2年間の契約を開始しました。一緒に頑張って良い研究をしましょう。

2017.5.30
JSPS 外国人特別研究員のRicha Tambi博士(インド国)が、2年間の契約を終了し、ご主人が住むDubaiに渡航しました。在籍中には、研究が順調に進み蛋白質ドメイン予測の論文を一報発表し、日本生物物理学会や日本蛋白質学会で研究生を発表することができました。

2017.3.25

井出君、修士修了おめでとうございます。また、三浦さん、萩原さん、リムザンさんもご卒業おめでとうございます。



 

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 東京都小金井市中町
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 工学部生命工学科
 (10号館203号室)
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