卒業論文

令和元年度9月修了生(博士)

  • 早乙女 友規: 球状蛋白質の熱変性における高温での可逆的なオリゴマー形成の物理化学的解析


平成30年度3月修了生(博士)

  • Kalpana Nautiyal:Development of short peptide tags for solubilizing biologically relevant proteins without altering their activities

平成30年度3月修了生(修士)

  • 三浦 史帆: 短いペプチドタグの付加によるデングウイルス由来エンベロープタンパク質第3ドメインの会合状態および免疫原性への効果

平成30年度3月卒業生(学士)

  • 山本 裕子: デング由来 ED3 蛋白質における非天然ジスルフィド結合の形成による ミスフォールドの蛋白質工学的な抑制
  • 塩飽 祐佳里:短い疎水性ペプチドタグを付加したデングウイルス由来エンベロープタンパク質第 3 ドメイン(ED3)の免疫原性及び物性の解析
  • 木 開生:SCP タグを付加した BPTI の溶解傾向性におけるアミノ酸の寄与の探求
  •  前田 華子:BPTI をモデルタンパク質に用いた疎水性ペプチドタグの付加による細胞毒性の検証


平成29年度3月修了生(博士)

・Md. Golam Kabir:Biophysical characterization of soluble protein aggregates and oligomers controlled using short amino acid peptide tags

平成29年度3月修了生(修士)

・ 河村 直樹: ニューラルネットワークを用いたドメインリンカーの予測

平成29年度3月卒業生(学士)

 ・ 小原 真: 格子モデルシミュレーションによるタンパク質凝集体形成の分析

 ・ 廣瀬 克彦:分子シミュレーション及び実験による Anti-EGFR scfv の溶解性予測と評価

 ・ 松沢 佑紀:機械学習(SVM)を用いたドメインリンカー予測

平成28年度3月修了生(修士)

 ・ 井出 宗一郎:単独での構造の維持が期待される「構造ドメイン」の自動的な同定法開発

平成28年度卒業生(学士)

 ・ 萩原 くるみ:複数変異導入デングウイルス由来ED3に対するモデリングと熱安定性評価

 ・ 三浦 史帆:短いペプチドタグを付加したデングウイルス由来ED3における会合状態の評価

 ・ リムザン 万凜:分子シミュレーション法を用いた蛋白質の溶解性予測

平成28年度10月修了生(修士)

 ・ 櫻井 博光:溶解性向上ペプチド (SEP)タグによるTEV蛋白質の溶解性向上検討

 ・ 早乙女 友規:高温条件下で変性したDEN4 ED3 の可逆的なオリゴマー形成の一残基置換による阻害


平成27年度修了生(博士

 ・Wu Nan:Re-design Gaussia luciferase using a novel Screening Protocol based VanX mediated Autoysis

 ・ Kulkarni Manjiri R:Structural and biophysical study of Dengue Envelope protein domain 3

平成27年度卒業生(修士)

 ・ 小須田 慧司:分子シミュレーションを用いたタンパク質の溶解性評価

平成27年度卒業生(学士)

 ・ 石山 幸樹:最小ガウシアルシフェラーゼの作製

 ・ 岡本 紳太郎:BPTI変異体を用いたアミノ酸の溶解傾向性の測定

 ・ 佐々木 英之:短いペプチドを付加したデングウイルス由来エンベロープタンパク質第3ドメインの物性評価

 ・ 河村 直樹:格子モデルを用いたアモルファス・アミロイド凝集のシミュレーション

平成26年度修了生(修士)

 ・ 佐藤 雄士:複数のテトラペプチドを用いた全原子分子動力学シミュレーションによるアモルファス凝集の解析

 ・ 鈴木 涼祐:格子モデルを用いたタンパク質凝集のシミュレーション

 ・ 鈴木 郁也:NMR構造解析へ向けた13C15N標識ガウシアルシフェラーゼの精製法の開発

平成26年度修了生(学士)

 ・ 竹内 厚貴:短いペプチドタグ付加によるデングウイルス由来のED3ドメインの会合状態の制御

 ・ 渡辺 和哉:ウシ膵臓トリプシン阻害タンパク質とSEPタグを用いたアミノ酸の溶解傾向性の測定

 ・ 青木 将:大腸菌を宿主としたガウシアルシフェラーゼ発現系の改良

 ・ 早乙女 友規:デングウイルス由来のED3ドメインの熱安定性と会合状態についての解析

 ・ 井出 宗一郎:単独で構造を維持する新規ドメインデータベースの構築

 ・ 尾園 早紀:SVM 学習を用いたヘリカルリンカー予測機HDROPの高速化とその評価


平成25年度卒業生(博士)

 ・上岡哲矢:組み換えタンパク質の新規精製法及びスプライシング法の開発

 ・Mohammed M AlKhan:Biophysical analysis of protein solubility and aggregation using short amino acid peptide tags

 ・黒谷篤之:植物プロテオームの網羅的アノテーションとそのデータベ―ス化、及び
被子植物におけるディスオーダー領域と翻訳後修飾の生物情報学的解析

 ・Montasir Elahi:Structural and thermodynamic analysis of dengue envelope protein domain III provide insights into dengue's sero-specificity and molecular evolution

平成25年度卒業生(修士)

 ・ 梅澤 祐貴:単独でフォールドする構造ドメイン同定法の開発及びそのデータベース化

 ・ 二宮 拓也:大腸菌細胞壁合成阻害作用を利用した組換えタンパク質抽出法の開発

平成25年度卒業生(学士)

 ・ 小須田 慧司:円偏光二色性測定と示差走査蛍光定量法を用いたBPTI変異体の熱安定性評価

 ・ 櫻井 博光:デングウイルス由来エンベロープ糖タンパク質第 3 ドメインの尿素変性を用いた変異体解析

 ・ 如澤 浩樹:タンパク質の末端に付加した少数残基が凝集体形成に及ぼす影響の解析
 

平成24年度卒業生(修士)

 ・ Wu Nan:VanX の溶菌活性を用いた新規ルシフェターゼのスクリーニング法の開発

平成24年度卒業生(学士)

 ・ 清水 凌:アミノ酸配列を単純化した BPTI の精製改良および熱力学的安定性の解析

 ・ 佐藤 雄士:多数ペプチド系の全原子MD シミュレーションを用いた凝集の解析

 ・ 鈴木 涼祐:SVMを用いたヘリカルリンカー領域の予測

 ・ 和智 友香:BPTI変異体の温度変性による可逆的な会合体形成の生物物理学的解析

平成23年度卒業生(博士)

 ・ Tharangai Rathnayaka:Characterization and bacterial expression of recombinant Gaussia Luciferase with native-like disulfide bonds and bioluminescence activity

平成23年度卒業生(修士)

 ・ 木村 俊太:常温菌・好熱菌タンパク質における局所構造及びアミノ酸対組成の統計的解析

 ・ 小林 慶 :ヘテロシーディング法を用いた熱安定化BPTI変異体の解析

平成23年度卒業生(学士)

 ・ 梅澤 祐貴:構造ドメインデータベースの作成およびそのWeb 提供

 ・ 福原 功巳:大腸菌を宿主に用いたガウシア・ルシフェラーゼ及びミニ・ルシフェラーゼの発現と精製

 ・ 図師 健太:複数ペプチドの分子動力学シミュレーションによる凝集の解析

 ・ 雙田健太郎:タンパク質溶解性の解明を目的としたペプチドの溶解度測定

平成22年度卒業生(博士)

 ・ 蝦名 鉄平:Analysis and prediction of structural domains and their boundaries using machine learning approaches

平成22年度卒業生(修士)

 ・ 秋山 沙織:熱安定化/不安定化 緑色蛍光タンパク質変異体の 実験及び理論的解析

 ・ 島田 広海:タンパク質溶解性の解明を目的としたペプチドの溶解度測定プロトコルの開発

平成22年度卒業生(学士)

 ・ 町田惠久海:好熱菌を用いたアミノ酸三残基フラグメントデータベースの構築と解析

 ・ 岩崎 駿 :構造ドメインデータベースの作成および解析

 ・ 関 琢磨 :正しくフォールディングするガウシアルシフェラーゼの精製のプロトコルの開発

 ・ 田中 亮太:正しくフォールディングしたガウシアルシフェラーゼの発現・精製及びNMR解析用サンプルの作製

 ・ 辻  良太郎:SVMを用いたヘリックスを含むリンカー領域予測機の開発

平成21年度卒業生(修士)

 ・ 石原謙一郎:短い溶解度向上ペプチドタグ (SEP-tag) による封入体形成防止法

平成21年度卒業生(学士)

 ・ 木村 俊太:高溶菌活性を持つVanX変異体の探索

 ・ 小林 慶 :1及び2残基置換における熱安定化BPTIの実験的解析

 ・ 都賀 友宏:残基フラグメント構造データベースの構築とタンパク質熱安定性スコアリング

 ・ 馬場 美香:1および2残基置換による熱安定化BPTI変異体の分子動力学シミュレーション解析

 ・ 牧野恵里香:正しいS-S結合を形成したガウシアルシフェラーゼの大量発現系の開発

平成20年度卒業生(博士)

 ・ 廣瀬 修一:機械学習法を用いたタンパク質中の動的情報の予測

 ・ M M Islam :ウシ膵臓トリプシン阻害蛋白質変異体の構造及び熱力学解析

平成20年度卒業生(修士)

 ・ 小林 貴幸:SVMを用いたβシート構造の解析と予測

 ・ 矢島 龍 :より迅速な構造比較ツールの開発

平成20年度卒業生(学士)

 ・ 大原 拓也:ジスルフィド結合を形成するシステインの特徴についての解析

 ・ 秋山 沙織:GFPuv変異体の分子動力学解析と蛍光活性の実験的評価

 ・ 古勢 美緒:大腸菌を宿主としたブロックコポリマーの大量発現系の構築

 ・ 下野 智弘:アミノ酸タグ付加がタンパク質の溶解度に及ぼす影響の解析

 ・ 島田 広海:溶解度解析を目的とした短いペプチドの大量発現系の構築

平成19年度卒業生(博士)

 ・ 加藤 淳 :単純化ウシ膵臓トリプシンインヒビター変異体を用いたタンパク質の安定性の
熱力学解析及び
新規溶解性向上法の開発

平成19年度卒業生(修士)

 ・ 田輪みな子:タグ配列の付加がタンパク質の溶解度に及ぼす影響の研究

平成19年度卒業生(学士)

 ・ 太田 勇輝:タグ配列の付加がタンパク質の溶解度に及ぼす影響の研究

 ・ 細岡亜沙実:短いペプチド系溶解度向上タグが封入体形成に与える影響の解析

平成18年度卒業生(修士)

 ・ 上岡 哲矢:トランススプライシング反応条件の最適化

 ・ 鈴木 洋二:タンパク質における立体構造比較法の新規開発

平成18年度卒業生(学士)

 ・ 石井麻菜美:ペプチド系タグがタンパク質の活性・熱安定性・溶解度に及ぼす影響の研究

 ・ 小林 貴幸:MDシミュレーションを用いたGFPのトラジェクトリ解析

 ・ 古山 智裕:構造ドメイン境界予測法に用いるドメインリンカーデータベースの作成

 ・ 矢島 龍 :タンパク質構造比較のための新規パラメータの開発とその評価

平成17年度卒業生(修士)

 ・ 山田 宗高:アミノ酸配列を単純化したBPTI変異体タンパク質の熱力学的安定性

平成17年度卒業生(学士)

 ・ 荒井 隆雄:構造ドメインデータベース作成及びSVMを用いた構造ドメイン領域予測

 ・ 小山 哲平:MDシミュレーションによるBPTI5-55の1残基アラニン置換体の熱安定性の計算

 ・ マスウィダ ビンティムスタファ カマル:
Design and Construction of a Stabilized Bovine Pancreatic Trypsin Inhibitor
          Mutant with a Highly Simplified Sequence (BPTI21)

 ・ 田輪みな子:スプライシング反応中間体の会合に関する研究

 ・ 朱田 梨恵:VanXの発現系と精製法の改良

 ・ 村上さおり:アミノ酸配列を単純化した変異体タンパク質の熱力学的な安定性評価

平成16年度卒業生(学士)

 ・ 熊谷 勇太:構造ドメイン境界予測法の開発を支援する構造ドメイン・データベース作成

 ・ 上岡 哲矢:Ssp DnaEインテイン蛋白質の精製に対する発現系の構築

 ・ 古川ひとみ:配列を単純化したBPTI蛋白質の熱力学的解析

 

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