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---2019.11.28 更新---
第一部：C言語プログラミング
4月10日の授業までにC言語テキストを印刷して持参ください。
教科書（「Cの絵本」、(株)アンク著、SHOEISHA(1380円、ISBN4-7981-0103-6)を生協に50冊準備していますので購入ください。
1) 4月10日の資料（pdf-1） （L0016で開講）
2) 4月17日の資料（pdf-2）；今週提出した宿題の解答例(pdf)
3) 4月24日：休講
4) 5月8日の資料（pdf-2b）);今週提出した宿題の解答例（pdf）
5) 5月15日の資料（pdf-3）； 今週提出した宿題の答え(pdf-2)
6) 5 月22日の資料（pdf-4, pdf-5）； 今週提出した宿題の答え（フローチャートは参考まで；pdf）
7) 5月29日の資料（pdf-5, pdf-6）； 今週提出した宿題の答え（pdf, pdf2)
8) 6月5日の資料（pdf-7）；今週提出した宿題の答え(pdf）
9) 6月12日の資料(演習問題)；今週提出した宿題の答え（pdf)
10) 6月19日： 中間テスト
第2部：バイオデータベースとツールの利用法
今年は、生協に教科書の入荷の目処が立っていないため、必要な個所をスキャンしました。
6月26日の授業までに印刷して持参ください。
著作権の関係でパスワードを使用しています（seimei)。
10）7月3日：生命科学関係データベースの紹介（pdf)
11) 7月10日(TAによる演習）：の資料(pdf)；今週提出した宿題の答え(pdf)
12) 7月19日：の資料(pdf)；使用資料（pdf) 演習に使うファイル
14) 7月26日：期末テスト
15)
10) 6月19日資料（演習問題、pdf),演習問題の解答例（pdf、提出無用）宿題の答え（pdf)
演習で使用するアミノ酸配列ファイル
テストに関して：
教室：L0811メディアセンター1階教室
日時：7月19日（水）10時半～11:20時（50分程度）
テスト内容：授業全般(授業前半で説明したプログラミングも含む）。また、宿題、演習の内容も含まれる。
今年は、データベースを用いての検索問題はありません。
パソコン・資料・電卓持ち込み不可
テキスト中のプログラム例(zip圧縮状態）：一章、二章、三章
注意：試験問題の一部で、データ検索することもありますので、アカント番号とパスワードを持参して下さい。また、インターネットを通じて講義で紹介したデータベースやツールにアクセスできることを試験開始時間前に確認して下さい。資料持込は不可です。
毎週火曜日の12:30～13:00の質問時間を是非利用してください（メディアセンター2階）。
先輩に宿題の答えを教えてもらうための質問時間ではありません。宿題は、自ら問題を解く努力をし、それでも分からない点を質問するための時間です。
提出が必須でないにも関わらず、BamH1制限酵素サイトを検出するC言語のプログムを、数名の学生が解いています。よくできました。
個人のパソコンから仮想端末室の使用法(先輩作成の丁寧な説明pdfファイル)
https://sites.google.com/a/go.tuat.ac.jp/imc/home/info-system0/info-vpcroom
個人のパソコンから仮想端末室Linux演習システムの使用法
https://sites.google.com/a/go.tuat.ac.jp/imc/home/info-system0/info-linuxsrv
先輩が丁寧に説明してくれる、自宅でも仮想端末室と同じ環境でプログラミングの勉強ができる方法！
自分おPC（windows)にサクラエディターをダンロードする（確認済みであるが、ウイルス対策を各位行って、自己責任でファイルをダンロードしてください）
自分のPC（windows)にCygwinをダンロード">する（確認済みであるが、ウイルス対策を各位行って、自己責任でファイルをダンロードしてください）
第 1 回： 4月12日 X線結晶構造解析①・基礎（野口）
第 2 回： 4月19日 X線結晶構造解析②・基礎（野口）
第 3 回： 4月26日 X線結晶構造解析②・基礎と応用（野口）
第 4 回： 5月10日 X線結晶構造解析①・応用（医科歯科大：沼本）（スライド pdf形式(2019年更新)、4.4MB)
第 5 回： 5月17日 X線結晶構造解析①・応用（医科歯科大：沼本）（スライド pdf形式（2019年更新）、3.2MB)
第 6 回： 5月24日 質量分析①（日本電子：福沢）（スライドpdf形式（2019年更新）
第 7 回： 5月31日 NMR①基礎（日本電子：加藤）（3MB、pdf形式（2019年度更新)
・テキスト(PDF)は印刷して持参してください。
・実際にスペクトルを解析する演習を行いますので、
筆記用具（鉛筆など消せるものが望ましい）を持参してください。
・解析では定規があると便利です。
第 8 回： 6月7日 NMR②基礎（日本電子：加藤,資料）
第 9 回： 6月14日 NMR③基礎（日本電子：加藤、演習、解答例）
第 10 回： 6月21日 NMR①応用（黒田）（スライド、pdf形式、22MB)
第11回： 6月28日 NMR②応用（黒田)(スライド）
第12回： 7月5日機器分析を用いた最近の研究（黒田）
第13回： 7月12日 蛍光分光の基礎①(太田）
第14回： 7月19日 蛍光分光の基礎②(太田）
第15回： 7月26日 蛍光分光の応用(太田）
参考書：
１）「初歩から学ぶNMRの基礎と応用 」竹内敬人 ・加藤敏代 ・角屋和水 著、朝倉書店、B5／168ページ／2005年02月28日
ISBN978-4-254-14068-2 C3043、3,780円（本体3,500円＋税）
２） 「シリーズ名 分析化学実技シリーズ」・田代 充・加藤 敏代著 全30巻 機器分析編 【3】巻
、 日本分析化学会 編、ISBN 978-4-320-04386-2、判型 A5 ページ数 256ページ、発行年月 2009年12月、本体価格 2,900円
３）「Modern Nmr Techniques for Chemistry Research (Tetrahedron Organic Chemistry)」 Reprinted (with corrections) Edition
A.E. Derome、Elsevier, Oct 22, 2013 - Science - 299 pages 今になっては、古い教科書ですが、私もkのよう箇所でNMRの基本を学んだと高く評価しています。
NMR専門外の研究者が理解しやすい形で多次元NMRを紹介した初めての教科書とも言われています。この教科書を20代後半で執筆したA. E Derome博士は、機器分析の分野でその名が広く知られるようになった。著者は、34歳の若さで亡くなってしまったが、この教科書を残すとともに40報の学術論文も発表している。
以下の資料は授業実施期間中のみダンロード可能です。
・ 資料：
11月15日(更新済）：section1.pdf
12月6日(これから更新します）：section2.pdf
12月7日(配布資料なし）：非常勤講師による蛋白質工学・創薬に関する講義
12月13日(これから更新します）：section3.pdf
12月19日(これから更新します）：section4.pdf
１月24日(スライドはこれからアップロードします）：非常勤講師による蛋白質構造予測・相互作用・創薬に関する講義
・参考資料（パスワードは"tuat-seimei"です）
12月6日提出の宿題の解答例
12月21日までの宿題の解答例
連絡事項：黒田が担当した内容の中間テストを1月10日（金）,9:15から10:00に行ないます(テスト前に授業はなし）。テスト時間は45分の予定です.。
テスト会場はＬ0811号室です(何時もの教室）。
資料持ち込み不可、電卓持込可です。
試験範囲：
１）Section1～section3で説明した内容全て（説明していないスライドはテスト対象外です。）
２）「蛋白質科学入門」：p14,15(1.7)、p24-38、p52-53(3.1)、p110-126、p136-140(5.10,5.11)、142-154(式6.9まで)
3）宿題の内容
2020年1月4日更新、
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教科書：
「蛋白質科学入門」、有坂文雄著（裳華房）3200円
準教科書：
Protein Structure and Function G.A. Petsko D. Dagmar(蛋白質の構造と機能、メディカルサイエンスインターナショナル、5500円）
教室：12号館L1212
成績：出席、レポート及び小テスト
単位：２単位
日時: 木：13：00～14:30 14：45～16：15 (終了時間は多少前後することがあります)。
5月9日（木）黒田裕
序論
5月16日（木）黒田裕
タンパク質構造の予測
5月23日（木）広川貴次先生（産総研）
ケモ・バイオインフォマティクスによるインシリコ創薬(スライド）
5月30日（木）末永敦先生（日本大学）
分子動力学シミュレーションとその応用（スライド）
6月6日（木）黒谷淳先生（理化学研究所）
生命科学分野のデータサイエンス及び知的財産
6月13日（木）野口保先生（明治薬科大学）
タンパク質発現・可溶性予測とタンパク質立体構造予測の新情報
6月20日（木）予備
バイオインフォマティクスの歴史と発展の背景（pdf)
参考書：
１）バイオインフォマティクスーゲノム配列から機能解析へ、David Mount メディカル・サイエンス・インターナショナル（MEDSI)、9500円）
２）バイオインフォマティクス辞典、日本バイオインフォマティクス学会編集、両立出版(14000円）
３）バイオデータベースとウエッブツールの手取り足取り活用法、中村保一ら編集、羊土社（4200円））
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