Abstract

トマト萎凋病菌（Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici : FOL）は土壌病原性子のう菌の一つであり、宿主となるトマトの品種によって3つのレース（1〜3）に分けられる。農耕地において、多種多様な土壌微生物中からFOLを検出、またFOLレースを識別することは、病害予防のために重要である。Kawabe（2004）はrDNA-IGS領域の塩基配列に基づいたF. oxysporumの分子系統解析を行い、日本産FOLではレースと系統樹のクラスターが相関することを示した。またHirano（2006）は、ポリガラクツロナーゼ遺伝子の塩基配列の差に基づき、日本産FOLレース識別用特異プライマーセットを構築した。 本研究では、FOL汚染土壌から抽出したDNAを用い、「多様な土壌菌＞F. oxysporum＞FOL＞レース」のように、大分類群から小分類群へと段階的にFOLを検出する方法を検討した。rDNA-IGS領域特異プライマーを用いたPCRによって、F. oxysporumとその近縁種F. moniliformeが特異的に検出できた。この増幅断片をDGGE（変性剤濃度勾配ゲル電気泳動）で分離すると、FOLレースが識別出来る可能性が示唆された。またHirano（2006）が提示したプライマーセットは、土壌抽出DNAでも有効で、FOL及びレース識別が可能であった。さらに、リアルタイムPCR検出用に、新たなレース識別用プライマー, プローブセットを作製した。

*農環研