火山の噴火といった自然攪乱や、土地開発による人為的な攪乱を受けた地域によって、植物群集がどのような遷移系列経るかを明らかにすることを、永久調査地の継続調査を中心におこなっている。

人為的原因による環境変化や山火事、火山噴火などといった自然かく乱による自然生態系の衰退原因を明らかにするとともに森林生態系の回復および再生に関する研究を行う。

大規模には噴火や津波、小規模では山腹崩壊や侵食などの自然災害の跡地、さらに乾燥や高塩類化、カルストなどの脆弱な立地・土壌において、二次的な災害を防ぐためには植生回復（緑化）が不可欠である。適地適木の造林や緑化手法のみでは、解決できない災害や立地が多く、これまで養殖池跡地のマングローブ復元、半乾燥地の高塩類土の緑化、カルスト地域の天然生林の育成・管理、噴火後の堆積火山灰と亜硫酸ガス高濃度地域での植生回復など、さまざまな緑化現場での研究をすすめてきた。緑化資材としての樹木の生理生態的特徴を踏まえた育苗・植栽、貧栄養や半乾燥などハードな環境で根粒菌や菌根菌などの共生微生物・根圏微生物の緑化基盤としての機能など、基礎的情報を集めている。また、単なる災害復旧のみならず、技術開発の課題として緑化樹木・森林の持続的利用を可能とする荒廃地の緑化を考えていく。